Zanim przystąpimy do inkubacji jaj, należy wcześniej wszystko na czas przygotować, aby zaoszczędzić później sobie niepotrzebnego stresu. Przede wszystkim należy sprawdzić, czy inkubator, jaki posiadamy jest sprawny, a w razie nowego aparatu, czy umiemy go w ogóle obsługiwać. Następną czynnością jest przygotowanie pojemników, w których bezpośrednio będą inkubowane jaja. Do tego calu nadają się dobrze plastikowe pudełka np. po margarynie lub inne podobne. Ich wielkość i ilość zależy od tego, ile jaj będziemy inkubować. Pojemniki te zostają wypełnione najczęściej ziemią wymieszaną z piaskiem lub innym dostępnym na rynku materiałem, nadającym się do tego celu. Ziemia z piaskiem nie może być zbyt sucha, najlepiej lekko wilgotna. 

Złożone przez samice jaja powinny być ostrożnie wygrzebane z ziemi i przeniesione do wcześniej przygotowanych pojemników.  Ważne przy tym jest, aby jaja pozostały w takiej pozycji, w jakiej znajdowały się w ziemi, po ich złożeniu. To znaczy, że nie można nimi obracać. Następnie zostają one częściowo, bo tylko do połowy zakopane w ziemi i wraz z pojemnikiem przeniesione do inkubatora. W inkubatorze należy umieścić również w razie potrzeby miseczkę z wodą, która będzie regulowała wilgotność powietrza. Najlepiej aby wynosiła ona od 60% do 80%. W zależności od tego, jakiego aparatu używamy powinniśmy dalej postępować tak, jak nakazuje to jego instrukcja obsługi. Jeżeli takowej nie ma, to ustawiamy inkubator na żądaną temperaturę, a potem to już należy tylko uzbroić się w cierpliwość. Temperatura, w jakiej są inkubowane jaja żółwi greckich wynosi średnio ok. 30º C. Przy temperaturze 32º C wzrasta prawdopodobieństwo, że na świat przyjdą samice. Jeżeli temperatura wynosi jednak mniej niż 30º C to najprawodopodobniej wyklują się same samce. Okres inkubacji jaj jest różny, przy czym różnice mogą wynosić nawet po kilkanaście dni, co jest całkiem normalne. Niektóre żółwiki zaczynają się wykluwać już po ok. 50 dniach inkubacji, inne dopiero po 60. Znane są również przypadki, kiedy to zwierzęta wykluwały się dopiero aż po 80 dniach. Zawsze jednak trzeba liczyć się z tym, że nie ze wszystkich jaj wyklują się zwierzęta. Składane są bowiem również jaja niezapłodnione. Czasami zdarza się też i tak, że zarodek obumiera podczas inkubacji. Winę za to ponoszą wtedy warunki panujące w inkubatorze. Zbyt za wysoka lub niska temperatura, jak i wilgotność powietrza wpływają znacząco na rozwój małego żółwika.  

Wykluwanie się żółwika, od momentu przebicia przez niego skorupy, aż do całkowitego opuszczenia jaja może potrwać kilka dnia. W żadnym wypadku nie powinno się pomagać żółwiowi przy wykluwaniu, bo może mu to bardziej zaszkodzić, niż pomóc. Świeżo wyklute zwierzęta należy pozostawić jeszcze na dzień lub dwa w inkubatorze, a następnie przenieść je do terrarium. Przez pierwsze kilkanaście dni młode żółwiki nie jedzą nic, a „odżywiają się” wchłaniając wyłącznie resztki żółtka, które znajduje się na plastronie.